Par sécurité je vous conseille de prendre l'avion ! on ne sait jamais avec les grèves des transporteurs maritimes !!!

tout dépend de la ville dont vous partez. 
Pour vous donner une idée de prix début juillet un vol paris / ajaccio vaut 250 € (par personne) et le trajet en bateau de marseille à ajaccio vaut 400 € (avec la voiture, pour 2 personnes).
Après il faut voir aussi si vous compter louer une voiture sur place et compter la durée du trajet en voiture jusqu'à marseille !